Atelier Dialogu IST, 9 juillet de 9h à 12h30

Rendre FAIR les données, mais quelles données préserver ?

Le groupe de travail (GT) Dialogu’IST du réseau Renatis vous donne rendez-vous le matin du jeudi 9 juillet pour un nouvel atelier en visioconference. Après deux ateliers sur la FAIRisation des données, le GT propose un nouvel atelier sur la préservation des données. Que faut-il préserver et que peut-on éliminer ? Quel est le cadre juridique qui sous-tend ces problématiques ? Quelles conditions techniques jouent un rôle et sont à prendre en considération ? Différents intervenants issus de divers horizons (laboratoires de recherche, bibliothèques, archives) répondront à ces questions en présentant leurs retours d'expérience, après une brève remise en contexte. Compte tenu du contexte sanitaire, l’atelier se fera en visioconférence, mis à part quelques sites qui pourront accueillir le public (précision des sites le 2 juillet).

Inscription :(dialoguist@services.cnrs.fr)

Plus d’informations :http://renatis.cnrs.fr

Dernière modification: 24 juin 2020 à 15:57:58

Le logiciel DIRAC rend disponible la puissance de calcul du CPPM à la recherche sur le Covid-19

Au cœur de l’Univers et de la matière, le CPPM (CNRS – AMU) est impliqué dans les très grands équipements indispensables aux recherches d’aujourd’hui, comme par exemples : l’accélérateur de particules LHC, des télescopes terrestres CTA, LSST et sous-marins ANTARES, KM3NeT ou encore l’infrastructure nationale de calcul France Grilles. L’infrastructure de calcul intensif, essentiellement Grille jusqu’à présent, – France-Grilles et Tier 2 de LCG France –, développe une modalité Cloud à destination de l’ensemble de la communauté scientifique d’AMU, grâce à un projet porté par l'AMU en collaboration avec le Centre de Calcul Intensif d’Aix-Marseille (CCIAM) mésocentre HPC d’AMU à travers un financement CPER et FEDER. Le projet consiste en une plateforme mutualisée mais distribuée (Grille et Cloud à Marseille-Luminy) et HPC (à Marseille-Saint Jérôme) pour l’accès de manière unifiée par les utilisateurs d’AMU à travers le logiciel DIRAC. Imaginé au CPPM et développé par les informaticiens du CPPM, au sein de plusieurs projets européens, ce logiciel permet de mettre à disposition de manière multimodale des ressources informatiques. Dans le cadre du projet de modélisation en biologie, HADDOCK (1), les ressources de calcul sont gérées par le service EGI, Initiative de Grille Européenne Workload Manager basé sur le logiciel DIRAC. Le portail permet désormais aux utilisateurs de marquer leurs soumissions comme étant liées à Covid-19, ce qui permet à DIRAC de diriger les « jobs » des utilisateurs vers des ressources fournissant un soutien spécifique à la recherche Covid-19. Plusieurs centres de calcul ont été connectés pour contribuer spécifiquement à ces projets de recherche. En particulier, le site de la grille Tier 2 du CPPM a été configuré pour soutenir ces activités avec une priorité élevée. Comme le montre la figure, au cours de la première semaine de fonctionnement des « jobs » Covid-19, plus de 130 000 « jobs » ont été exécutés, la contribution du CPPM s'élevant à 20000 « jobs » soit environ 18% des besoins du projet HADDOCK.

(1) HADDOCK (High Ambiguity Driven protein-protein DOCKing) est une plateforme intégrative développée à l'université d'Utrecht (Pays-Bas) pour la modélisation des complexes biomoléculaires. HADDOCK peut traiter une large gamme de problèmes de modélisation, notamment les complexes protéine-protéine, protéine-acides nucléiques, protéine-peptide et protéine-ligand (liant). Depuis 2008, HADDOCK est proposé sous la forme d'un portail web, librement accessible aux utilisateurs sans but lucratif, dans le cadre des services WeNMR (Communauté de recherche virtuelle soutenue par EGI). HADDOCK est également un service thématique sur le portail de l'European Open Science Cloud.

Contact : Magali Damoiseaux

Jobs pour la communauté en biologie grâce au logiciel DIRAC
Jobs pour la communauté en biologie grâce au logiciel DIRAC

Dernière modification: 16 avr. 2020 à 16:31:19

Le CPPM donne accès à sa plateforme de calcul haute performance aux spécialistes des coronavirus

Alors que l’épidémie du Covid-19 se propage dans le monde, la recherche se mobilise pour accélérer la production des connaissances sur ce virus, sur la maladie qu'elle provoque ainsi que les moyens de la guérir et de la prévenir. Dans le cadre du projet de mésocentre multimodalités d’Aix-Marseille Université M3AMU - financé par l’Union Européenne, Région Sud, DRRT, CD13, AMU, Amidex, CNRS - et du projet HPCBoost, projets développés en coopération étroite avec le Centre de Calcul Intensif d’Aix Marseille, CCIAM, le CPPM dispose de ressources informatiques versatiles et massives, accessibles à toute la communauté scientifique d’Aix-Marseille Université. Avec le consortium REACTing (1) coordonné par l’Inserm, des équipes scientifiques ont pu mettre en place des projets de recherche, comme celui de l’AFMB, spécialiste de la réplication virale des virus à ARN notamment les coronavirus. Pour répondre à la sollicitation de l’AFMB, qui s’est révélée être une priorité nationale, les informaticiens du CPPM ont préparé l’interface aux moyens de calcul de leur nœud de grille (CPU et stockage) pour permettre à l’organisation virtuelle BIOMED (2) de soumettre différents travaux. Les premiers tests réalisés, le travail pourra démarrer dès que les données seront disponibles. D’ordinaire, l’essentiel des ressources du CPPM sont développées et principalement utilisées pour les expériences du LHC (ATLAS et LHCb) dans le cadre de la collaboration WLCG (Worldwide LHC Computing Grid). Désormais le CPPM apporte sa contribution à l’effort de la recherche pour endiguer l’épidémie du virus. Ces ressources de calcul pourront être aussi mises à disposition pour d’autres projets autour du Covid.

(1) REACTing est un consortium multidisciplinaire rassemblant des équipes et laboratoires d’excellence, afin de préparer et coordonner la recherche pour faire face aux crises sanitaires liées aux maladies infectieuses émergentes.

(2) Une organisation virtuelle est constituée d'équipes spécialisées mises en relations virtuelles afin de réaliser une finalité commune.

Contact : Magali Damoiseaux

salle informatique du CPPM, crédit Camille Moirenc
salle informatique du CPPM, crédit Camille Moirenc

Dernière modification: 1 avr. 2020 à 12:48:11

Yannick Boursier, lauréat de l'appel à projet 80Prime du CNRS

Afin de soutenir et renforcer l’interdisciplinarité entre instituts du CNRS, la MITI (1) a lancé l’appel à projet 80|Prime, dans le cadre des 80 ans du CNRS. En 2020, parmi les 80 lauréats, 4 lauréats de l’institut de la physique des deux inifnis, l’IN2P3, ont été sélectionnés dont Yannick Boursier du CPPM avec son projet « Du « deep learning » pour doper l’imagerie X.

Yannick Boursier fait partie de l'équipe imXgam du CPPM : https://www.cppm.in2p3.fr/web/fr/recherche/interdisciplinarite/index.html#imXgam

--> Lire le portrait de Yannick Boursier réalisé par Emmnuel Jullien de la cellule communication de l'IN2P3 : https://in2p3.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/palmares-des-80prime-2020-4-projets-pilotes-par-lin2p3-decrochent-un-financement

(1) Mission pour les initiatives transverses et interdisciplinaires http://www.cnrs.fr/mi/spip.php?article1503

Dernière modification: 30 mars 2020 à 16:48:03

Production de la puce ITkPixV1 pour le détecteur pixel d'ATLAS auprès du HL-LHC

Le 17 mars 2020, la puce ITkPixV1 a été soumise pour production au fondeur TSMC. D'une surface supérieure à 4 cm², cette puce a été développée avec le process CMOS 65 nm et tolérera une dose ionisante supérieure à 500 Mrad. Elle contient plus d'1/2 milliard de transistors et 153600 pixels de 50 x 50 µm² organisés en 2400 régions de 8 x 8 pixels. Aboutissement d'un travail de près de 8 ans de la collaboration RD53* du CERN, à laquelle l’équipe ATLAS du CPPM est un contributeur majeur depuis sa fondation, c'est la version de pré-production de la puce qui équipera, en plus de 33 000 exemplaires, les 5 couches pixelisées internes du futur trajectographe d'ATLAS post-2026. C'est une étape majeure en vue de l'amélioration du détecteur ATLAS pour la phase de Haute Luminosité du Grand Collisionneur d'Hadrons du CERN qui a maintenant été franchie.

  • RD53 est une collaboration de 24 instituts et de près de 150 membres qui étudie depuis 2012 l'utilisation de technologies CMOS fines pour les améliorations des détecteurs pixels d'ATLAS et de CMS.

Plus d'informations au sujet de la collaboration RD53

Détail de la puce ITkPixV1 soumise pour production au fondeur TSMC le 17 mars 2020 (coin de bas de colonne gauche), crédit Mohsine Menouni, CPPM
Détail de la puce ITkPixV1 soumise pour production au fondeur TSMC le 17 mars 2020 (coin de bas de colonne gauche), crédit Mohsine Menouni, CPPM

Dernière modification: 2 avr. 2020 à 10:20:41